Το νοσοκομείο της Σαντορίνης είναι A.E.M.Y. μονάδα υγείας και λειτουργεί υπό την επίβλεψη και τον έλεγχο του Υπουργείου Υγείας. Το Νοσοκομείο ξεκίνησε τη λειτουργία του τον Ιούλιο του 2016 και είναι εξοπλισμένο με ιατρικό εξοπλισμό τελευταίας τεχνολογίας και στελεχωμένο με εξειδικευμένο επιστημονικό, ιατρικό, νοσηλευτικό, διοικητικό και άλλο προσωπικό. Στόχος του Νοσοκομείου Σαντορίνης είναι η παροχή υψηλού επιπέδου υπηρεσιών υγείας στους κατοίκους και τους επισκέπτες του νησιού.